Der Embryo selbst spielt natürlich auch eine große Rolle bei der Einnistung. Es wird geschätzt, dass der Embryo zu etwa 30% verantwortlich ist für ein Implantationsversagen. Die häufigste Ursache auf Seiten des Embryos ist eine Anomalie im Erbgut, d.h. der Embryo ist genetisch nicht gesund. Die Ursache dafür kann auf Seiten der Eltern liegen, wenn erbliche Faktoren bei der Mutter oder bei dem Vater zu einem genetisch nicht gesunden Embryo führen. Es ist allerdings auch möglich, dass bei der Befruchtung eine zufällige genetische Fehlbildung entstanden ist oder die Eizelle nicht gesund war.

Die Embryoqualität wird nach strukturellen, mikroskopischen Kriterien erfasst. Es wird angenommen, dass auch die Embryonen, die am 2. oder 3. Tag nach der Befruchtung übertragen werden, sich innerhalb der Gebärmutter weiter zur Blastozyste entwickeln und sich dann einnisten. Allerdings ist es möglich, dass die Embryonen nicht bis zum Blastozystenstadium (5. Entwicklungstag) heranwachsen. Dies kann an dem Embryo selbst oder an Faktoren der Eltern liegen. Eine Blastozystenkultur, bei der die Embryonen bis Tag 5 im Kinderwunschlabor beobachtet werden können, kann Aufschluss darüber geben. Dieses Vorgehen macht Sinn bei Patienten, die entweder bereits mehrere erfolglose IVF-/ ICSI-Versuche hinter sich haben oder bei denen viele Eizellen im Rahmen einer Kinderwunschtherapie heranwachsen.